א) בחינת הגמר היא על נושאי עבודת הגמר. הבחינה תשקף – מלבד התוכן העיוני והניסויי הקשור בעבודה במישרין – גם את הבנתו ואת בקיאותו של התלמיד בנושאים מדעיים כלליים, שיש להם זיקה לנושא העבודה. בחינת הגמר תתקיים תוך 30 יום ממועד הגשת עבודת הגמר.

ב) על התלמיד להיבחן לאחר שנתיים, או בכפוף לאישור ועדת הוראה בתוך ארבע שנים, מתחילת לימודי ה"מוסמך" (ראה נהלי "משך הלימודים", וכן הערה בסוף נהלי "עבודת גמר"). הבחינה היא בעל-פה, ומותר לקיימה בצורת סמינר בנוכחות השופטים (מנחים ובוחנים). כל מורה בחוג רשאי להיות נוכח בבחינה.

ג) השופטים בבחינת הגמר יהיו המנחה/ים והבוחנים ששפטו את עבודת הגמר, כמתואר בנהלי "עבודת גמר",  סעיף ז'. ראש החוג, או ממלא מקומו, יכהן בתפקיד יו"ר הבחינה וחותם בסוף על טופס הבחינה. יו"ר הבחינה אינו נמנה עם המנחים או הבוחנים.

ד) בתום הבחינה יקבל יו"ר הבחינה מהשופטים, באופן חשאי, ציון על בחינת הגמר. ציון בחינת הגמר ייקבע בין המנחה/ים (50%) לבין הבוחנים (50%). אם יהיה פער של 10 נקודות או יותר בין ציון המנחה/ים לציון הבוחנים, ייזום יו"ר הבחינה דיון בהיעדר התלמיד כדי למצוא דרך לאיזון ציון הבחינה. במקרים בהם יישאר הפער הנ"ל גם אחרי הדיון, רשאי יו"ר הבחינה לתת ציון משלו על בחינת הגמר כדי לאזן את הציון. במקרה כזה ישוקלל ציון הבחינה על פי ציון המנחה/ים (שליש), ציון הבוחנים (שליש) וציון יו"ר הבחינה (שליש). בתום הבחינה יודיע יו"ר הבחינה על תוצאות השיפוט של עבודת הגמר ובחינת הגמר בנוכחות התלמיד והשופטים.

ה) לאחר הבחינה יתקן התלמיד את עבודת הגמר על פי הערות הבוחנים ובהתייעצות עם המנחה/ים. התלמיד ישלח את אישור המנחה/ים על עבודת הגמר המתוקנת למזכירות החוג ויעלה את קובץ עבודת הגמר כ- PDF לאתר ייעודי בספריה (נא לוודא שמספר הזהות של המחבר/ת לא מופיע בו):
https://tss.ekmd.huji.ac.il/Pages/default.aspx.

ו) לאחר הגשת עבודת הגמר, מזכירות החוג תעביר את ציוני עבודת הגמר ובחינת הגמר למזכירות ההוראה. הגשת העבודה תבוצע כך שהציונים יועברו למזכירות ההוראה עד 31.3 לכל היותר. חריגה מרצף זמנים זה תחייב את התלמיד בהרשמה ללימודים ובתשלום שכר לימוד עבור "עבודת גמר" – 71100.